Tháng Giêng
Năm mới là một trong ba mùa du lịch lớn của Nhật Bản với các hoạt động du lịch chuyên sâu trong nước và quốc tế. Nhiều cửa hàng, nhà hàng và điểm tham quan du lịch đóng cửa trong vài ngày từ ngày 29 tháng 12 đến ngày 4 tháng 1.
Thời gian còn lại của tháng Giêng là thời điểm tốt để đến Nhật Bản, vì thời tiết thường nắng nóng và những điểm tham quan không đông đúc. Chỉ ở phía Bắc Nhật Bản và dọc bờ biển Nhật Bản, có rất nhiều tuyết rơi, và điều kiện tốt cho thể thao mùa đông. Nhược điểm của chuyến viếng thăm vào mùa đông là thời gian ban ngày tương đối ngắn (hoàng hôn khoảng 5 giờ tối ở Tokyo) và cây cối khá khô cằn.
Tháng Hai
Giống như tháng giêng, tháng hai là thời điểm tốt để đến Nhật Bản vì thời tiết thường nắng nóng và các điểm tham quan không đông đúc. Nhược điểm của chuyến viếng thăm vào mùa đông là những ngày tương đối ngắn (hoàng hôn vào khoảng 5 giờ 30 chiều ở Tokyo) vàcây cối cũng còn khô cằn tương tự tháng Giêng.
Phía bắc Nhật Bản và bờ biển Nhật Bản có nhiều tuyết rơi. Vào thời cao điểm của mùa đông, tháng 2 có xu hướng là thời điểm tốt nhất cho các môn thể thao mùa đông và thưởng thức cảnh quan mùa đông, chẳng hạn như băng trôi khỏi Hokkaido và những ngôi nhà phủ tuyết ở Shirakawago.

Tháng Ba
Các loại cây và thực vật bắt đầu nảy nở, như cây mận , mang lại những dấu hiệu đầu tiên của mùa xuân, trong khi thời tiết đang ngày càng dịu đi. Vào cuối tháng 3, mùa hoa anh đào bắt đầu ở một số khu vực nhất định, trong khi thời tiết ở phía bắc của Nhật vẫn rất tốt cho các môn thể thao mùa đông. Hoạt động du lịch trong nước tăng vào nửa cuối tháng 3 do kỳ nghỉ vào các ngày bước vào đầu mùa xuân.
Tháng Tư
Bên cạnh tháng 11, tháng 4 thường được coi là thời gian tốt nhất để viếng thăm Nhật Bản vì hoa anh đào nở rộ ở hầu hết các khu vực của đất nước và thời tiết rất ảm đạm. Hoạt động du lịch trong nước tăng lên vào đầu tháng 4 do kỳ nghỉ vào mùa xuân, và vì vào cuối tháng 4, sự bắt đầu của Tuần lễ Vàng nên càng thu hút đông du khách.
Tháng Năm
Tuần lễ Vàng là một trong những mùa du lịch nhộn nhịp nhất của Nhật Bản, diễn ra vào cuối tháng 4 - đầu tháng 5 và có thể là nguyên nhân của việc tăng khách du lịch hàng năm khi vào dịp này.
Nửa phần còn lại của tháng 5 cũng là một trong những thời điểm tốt nhất để chúng ta du lịch Nhật Bản, vì thảm thực vật đã trở nên tươi tốt, nhiệt độ vẫn còn thoải mái và các điểm du lịch có xu hướng không còn chật chội nữa. Tại Hokkaido, thời tiết vào xuân sẽ bị chậm hơn một tháng so với Tokyo. Ở đầu kia của đất nước, ở Okinawa , mùa mưa (tsuyu) thường kéo dài từ đầu tháng 5 đến giữa tháng 6.
Tháng Sáu

Từ đầu tháng 6, mùa mưa (tsuyu) ghé thăm hầu hết các vùng của Nhật Bản trừ Hokkaido. Mặc dù trời không mưa mỗi ngày nhưng thời tiết có xu hướng u ám và ảm đạm. Thời gian và cường độ của mùa mưa có thể thay đổi khá mạnh mẽ từ năm này sang năm khác.
Các khu nghỉ mát suối nước nóng như Hakone và đền núi rừng Koyasan là những nơi có thể khá hấp dẫn trong thời tiết mưa. Hokkaido là một điểm đến hấp dẫn vào tháng 6 vì nó ít bị ảnh hưởng nhất bởi mùa mưa. Ngoài ra, thời tiết ở Okinawa có một sự chuyển biến ngoạn mục hơn sau khi kết thúc mùa mưa ở đó vào cuối tháng Sáu.