Giáo hội Chính thống Nhật Bản (日本 ハ リ ス ト ス 正 教会 Nihon Harisutosu Seikyōkai, OCJ) là một nhà thờ tự trị của Giáo Hội Chính Thống, sử dụng loại dải vải quàng cổ của Giáo Hội Chính Thống Nga.

Thánh Nicholas của Nhật Bản (người rửa tội như Ivan Dmitrievich Kasatkin) mang Orthodox Kitô giáo vào Nhật Bản vào thế kỷ thứ 19. Năm 1861, ông được Giáo hội Chính thống Nga gửi đến Hakodate, Hokkaidō như một linh mục đến một nhà nguyện của lãnh sự quán Nga. Mặc dù chính quyền Shogun đương đại cấm người dân Nhật Bản chuyển đổi sang Thiên Chúa giáo, một số người thường xuyên ghé thăm nhà nguyện hoán đạo trong năm 1864. Trong khi họ là những người đầu tiên ông cải tạo, họ không phải là những người Nhật Bản đầu tiên trở thành người của Kitô giáo - một số người Nhật định cư ở Nga đã chuyển đổi sang Thiên Chúa giáo chính thống.

Ngoài các chuyến đi ngắn Nicholas ở lại Nhật Bản, thậm chí trong chiến tranh (1904-1905) Nga-Nhật. Ông tuyên bố chính thống Kitô giáo trên toàn quốc, và được bổ nhiệm làm giám mục đầu tiên của Giáo hội Chính thống Nhật Bản. Ông di chuyển trụ sở chính của mình từ Hakodate đến Tokyo khoảng năm 1863. Năm 1886, Giáo hội Chính thống Nhật Bản đã có hơn 10.000 tín hữu được rửa tội. Năm 1891 Nicholas thành lập một nhà thờ ở Tokyo trong khu Kanda. Ông dành phần lớn của nửa cuối cuộc đời mình ở đó, do đó Nhà thờ Tokyo Phục Sinh đã trở thành biệt danh Nikorai-do của công dân Kanda. Thánh Nicholas còn nổi tiếng với bản dịch tiếng Nhật của mình như Tân Ước và một số sách phục vụ Kitô giáo (Mùa Chay Triodion, Pentecostarion, Dịch vụ Feast, Sách Thánh Vịnh, Irmologion).

Nhiệm vụ đầu để thành lập một Giáo hội Chính thống Nhật Bản phụ thuộc vào Giáo Hội Chính Thống Nga, đặc biệt là trong các vấn đề tài chính. Cuộc chiến giữa Nga và Nhật Bản đã tạo ra một tình huống khó khăn về mặt chính trị cho nhà thờ. Sau Cách mạng Nga năm 1917, sự hỗ trợ và thông tin liên lạc về tinh thần và tài chính từ Chính Thống Giáo Nga đã cắt giảm nghiêm trọng. Chính phủ Nhật Bản đã có những nghi ngờ mới về Giáo hội Chính thống Nhật Bản. Đặc biệt, nó đã được sử dụng như một vỏ bọc cho hoạt động gián điệp cộng sản Nga. giám mục thứ hai của Nhật Bản, Metropolitan Sergius (Tikhomirov), được gọi thân mật là Sergii, bị nghi ngờ bởi chính phủ và đã bị buộc phải từ chức giám mục của mình. Giáo hội Nga tương tự như vậy đã bị tổn hại bởi chính sách của Stalin và không có khả năng để giúp các Giáo Hội trẻ ở Nhật Bản.

Trận động đất vĩ đại Kanto vào năm 1923 đã làm thiệt hại nghiêm trọng đối với Giáo hội Chính thống Nhật Bản. Các trụ sở, Nikorai-do đã bị phá hủy và đốt cháy, bao gồm thư viện với nhiều tài liệu có giá trị. Nikorai-do được xây dựng lại vào năm 1929 nhờ những đóng góp thu thập được từ các tín hữu, những người mà Metropolitan Sergius đã từng viếng thăm trên toàn quốc.

Trong suốt 15 năm chiến tranh (1930-1945), mà 1939-1945 là một phần của Chiến tranh Thế giới II, các Kitô hữu ở Nhật Bản rơi vào tình trạng trầm trọng, đặc biệt là các Giáo Hội Chính Thống. Năm 1945, sau khi Nhật đầu hàng quân Đồng minh, các nhà lãnh đạo đã có một thái độ hào phóng cho các nhóm Kitô giáo. Như phần lớn các Slavic - và Hy Lạp - Mỹ sẽ tham dự các giáo xứ Chính thống giáo địa phương, cộng đồng Chính thống giáo ở Nhật Bản đã bước một bước về phía trước. Trong chiến tranh, Giáo hội Chính thống Nhật Bản gần như không có liên hệ với nước ngoài. Sau cuộc chiến tranh, thay vì Giáo Hội Chính Thống Nga, tiền thân của Giáo Hội Chính Thống tại Mỹ (OCA) đã giúp tái thiết lập lại Giáo hội Chính thống Nhật Bản. Giáo hội Chính thống của Nhật Bản đã chịu sự chi phối bởi các giám mục của Giáo Hội Chính Thống tại Mỹ, một số thanh niên đang học tại Saint Vladimir của Orthodox Theological Seminary, OCA, sau đó tại thành phố New York, bây giờ là lãnh đạo của các Giáo hội Chính thống Nhật Bản.

Khi tình hình Giáo hội Chính thống được cải thiện ở Nga, Giáo hội Chính thống Nhật Bản đến dưới sự lãnh đạo của họ một lần nữa. Năm 1970, người sáng lập của Giáo hội Chính thống ở Nhật Bản, Nicolai Kasatkin, được tôn vinh bởi các Thượng Phụ Moscow và được công nhận như Thánh Nicholas, Equal-to-the-Apostles sang Nhật Bản; lễ kỉ niệm của ông là vào ngày 16 tháng 2. Năm 2000 Giáo hội Chính thống Nga cũng phong thánh như một vị giám mục thánh Andronik (Nikolsky), người đã được bổ nhiệm làm giám mục đầu tiên của Kyoto và sau đó đã là Tổng Giám Mục của Perm và trở thành một vị tử đạo trong cuộc Cách mạng Nga.

Giáo hội Chính thống Nhật Bản có ba giáo phận:

Giáo hội Chính thống Nhật Bản điều hành Tokyo Orthodox Seminary. Chủng viện chỉ chấp nhận tín đồ nam giới và cung cấp một nền giáo dục thần học trong ba năm đến những người mong đợi để trở thành linh mục tu sĩ và giáo sĩ. Chủng viện cũng xuất bản một tạp chí hàng tháng, "Seikyo Jiho". Giáo hội Chính thống Nhật Bản xuất bản sách tôn giáo, kể cả bản dịch chính thống Nhật Bản của Tân Ước, Thánh Vịnh và bản văn phụng vụ. Trụ sở chính tại Tokyo và các giáo xứ địa phương xuất bản tài liệu quảng cáo cho các tín hữu tìm kiếm giáo dục tôn giáo.

Giáo hội Chính thống Nhật Bản kỷ niệm phụng vụ của mình ở Nhật Bản, và đôi khi trong các ngôn ngữ khác như Nhà thờ Slavonic hay Hy Lạp. Như nhiều bản văn phụng vụ và Kinh Thánh được dịch sang tiếng Nhật đầu tiên của Đức Tổng Giám Mục Nicolas và Nakai Tsugumaro. Phong cách phụng vụ được tìm thấy trong cộng đồng Chính Thống Giáo Hội Nhật Bản vẫn còn chịu ảnh hưởng bởi Giáo Hội Nga vào cuối thế kỷ 19.